Баргузинский заповедник располагается в Республике Бурятия. Территория его охватывает западные склоны Баргузинского хребта до отметки 2840 метров над уровнем моря, а также северо-восточное побережье уникального озера Байкал и часть его акватории. Как хребет, так и заповедник были названы по реке Баргузин, которая течёт в этих местах.